Реализация товаров на территории РФ (в том числе металлолома) признается объектом налогообложения по НДС (пп. 1 п. 1 ст. 146, п. 3 ст. 38 Налогового кодекса РФ).
В рассматриваемой ситуации продавец при реализации металлолома НДС не исчисляет. Налоговая база определяется налоговым агентом, которым является организация - покупатель металлолома, исходя из стоимости реализуемого лома, установленной договором (с учетом налога). Налоговый агент обязан исчислить расчетным методом и уплатить в бюджет соответствующую сумму НДС (п. 8 ст. 161, п. 3.1 ст. 166 НК РФ).
Продавец металлолома составляет счет-фактуру без учета суммы НДС. В этом счете-фактуре делается надпись или ставится штамп «НДС исчисляется налоговым агентом» (п. 5 ст. 168 НК РФ)
На основании таких счетов-фактур покупатели исчисляют НДС по расчетной ставке в соответствии с пунктом 4 статьи 164 Налогового кодекса Российской Федерации вне зависимости от того, исполняют ли они обязанности налогоплательщика НДС, связанные с исчислением и уплатой этого налога. (Письмо Минфина России от 20.12.2017 N 03-07-14/85218)
Таким образом, выставление счет-фактуры с выделенной суммой НДС продавцом металлолома противоречит п. 5 ст. 168 НК РФ, кроме по смыслу п. 3 ст. 171 НК РФ право на вычет у покупателя, признаваемого налоговым агентом появляется только после исчисления сумм налога методом, указанным выше.
Невыполнение обязанностей налогового агента организация (индивидуальный предприниматель) может быть привлечена к ответственности в виде штрафа в порядке ст. ст. 119, 119.1, 123, 126 НК РФ. А в случае неуплаты (несвоевременной уплаты) налога на сумму недоимки начисляются пени (п. п. 1, 2, 7 ст. 75 НК РФ).
